Бейкер родился и вырос в Саммите, штат Нью-Джерси. Его мать была учительницей, а отец — патентным поверенным, который когда-то представлял интересы режисс`ра и его продюсерской компании в 2005 году. У него есть сестра, профессиональный синти-поп-музыкант и художник-постановщик, которая внесла свой вклад в его фильмы в обоих качествах. Он стал одержим домашними фильмами в юном возрасте после того, как мать взяла его на просмотр серии фильмов «Монстры Universal», которые транслировались в местной библиотеке.

Бейкер окончил среднюю школу Джилла Сен-Бернара в 1989 году. Он получил степень бакалавра искусств, изучая кино в Школе искусств Тиша от Нью-Йоркского университета. До поступления в Нью-Йоркский университет он изучал компьютерный монтаж в Новой школе в Гринвич-Виллидж.

Первым полнометражным фильмом Бейкера стал «Слова из четырех букв», фильм, в котором рассказывается о внешности, взглядах, отношениях и языке молодых людей в Америке. Бейкер написал, снял и смонтировал фильм. Затем Бейкер приступил к созданию фильма «На вынос», в котором он написал сценарий, сорежиссировал, соредактировал и сопродюсировал совместно с Ших Чин Цоу с бюджетом в 3000 долларов. В фильме рассказывается о китайском иммигранте без документов, который задерживает выплаты по долгу, в результате чего ему остаётся только один день, чтобы найти деньги. Мировая премьера фильма состоялась на кинофестивале Slamdance 18 января 2004 года, и он был показан на более чем 25 кинофестивалях, когда судебный спор с Сетом Ландау, который планировал выпустить одноименный фильм, отложил его выпуск до 6 июня 2008 года.

Премьера третьего полнометражного фильма Бейкера «Принц Бродвея» состоялась на кинофестивале в Лос-Анджелесе 22 июня 2008 года. В фильме рассказывается о иммигранте из Ганы, продающем поддельные товары на Манхэттене, который обнаруживает, что у него есть сын. Бейкер снял, написал, сопродюсировал, снял и смонтировал фильм. Бейкер также самостоятельно профинансировал распространение и рекламу фильма. «На вынос» и «Принц Бродвея» были номинированы на премию «Независимый дух Джона Кассаветиса» на той же церемонии в 2008 году.

Четвёртый полнометражный фильм режиссёра, «Старлетка», был написан в соавторстве с Крисом Бергохом, в нём снимались Дри Хемингуэй и Беседка Джонсон. «Старлетка» исследует невероятную дружбу между 21-летней Джейн (Хемингуэй) и 85-летней Сэди (Джонсон), двумя женщинами, чьи жизни пересекаются в калифорнийской долине Сан-Фернандо. Мировая премьера фильма состоялась 11 марта 2012 года на SXSW, а 9 ноября 2012 года он был выпущен ограниченным тиражом.

Пятый полнометражный фильм Бейкера, «Мандарин», рассказывает о секс-работнице-трансгендере, которая обнаруживает, что её парень и сутенер изменяет ей. Фильм был снят на три смартфона iPhone 5s и получил высокую оценку за новаторские методы кинопроизводства. В фильме «Мандарин» снялись Китана Кики Родригес, Майя Тейлор, Каррен Карагулян, Микки О’Хаган и Джеймс Рэнсон, а исполнительными продюсерами выступили Марк и Джей Дюплассы. Бейкер снова написал сценарий вместе с Бергохом; он также был сопродюсером, соавтором и монтажером фильма. Мировая премьера фильма состоялась 23 января 2015 года на кинофестивале «Сандэнс» в 2015 году, а 10 июля 2015 года он был выпущен ограниченным тиражом. Он получил чрезвычайно положительные отзывы и в настоящее время имеет рейтинг 97% на Rotten Tomatoes.

В 2016 году он снял для Kenzo короткометражный фильм о моде «Снежная птица» с моделью Эбби Ли в главной роли. Его тоже снимали только на iPhone.

Премьера шестого полнометражного фильма Бейкера, «Проект „Флорида“», состоялась в разделе «Двухнедельник режиссёров» Каннского кинофестиваля 2017 года и была показана в кинотеатрах США 6 октября 2017 года от A24. И снова Бейкер сам смонтировал фильм и написал сценарий вместе со своим постоянным соавтором Крисом Бергохом. Сюжет повествует о шестилетней девочке, живущей в мотеле со своей мятежной матерью в Большом Орландо, которые пытаются избежать неприятностей и свести концы с концами. Фильм получил высокую оценку за актёрскую игру (особенно за игру Уиллема Дефо в роли менеджера мотеля и Бруклин Принс в роли Муни, шестилетней девочки), а также за режиссуру Бейкера и был выбран как Национальным наблюдательным советом, так и Американский институт киноискусства в десятку лучших фильмов года. Дефо за лучшую мужскую роль второго плана был номинирован на премии «Оскар», «Золотой глобус» и BAFTA, а Принс получила премию «Лучшего молодого исполнителя по мнению критиков».

В июне 2018 года Бейкера пригласили стать членом режиссёров и сценаристов Академии кинематографических искусств и наук. В октябре 2018 года он возглавил киножюри Международного кинофестиваля в Мумбаи.

В августе 2020 года актриса Белла Торн объявила, что Бейкер будет снимать документальный фильм о своём опыте открытия учетной записи OnlyFans, но Бейкер быстро опроверг эти слухи, поскольку подозрительное поведение Торн было обвинено в ограничениях, затрагивающих всех секс-работников на сайте.

В марте 2021 года Бейкер выпустил короткометражный фильм «Khaite FW21», снятый для продвижения коллекции осень/зима 2021 модной линии Khaite. Оператором был Шон Прайс Уильямс.

В седьмом полнометражном фильме Бейкера «Красная ракета» Саймон Рекс играет Майки, порноактера, возвращающегося в свой родной город в Техас. Бейкер снял, стал соавтором сценария и сопродюсером фильма вместе со своей обычной командой, в которую входили, среди прочего, Бергох и Цоу. Съемки проходили тайно в условиях пандемии COVID-19, но соблюдались «протоколы безопасности, соответствующие отраслевым стандартам». Фильм получил овации на Каннском кинофестивале 2021 года. Он был выпущен в США компанией A24 10 декабря.

В 2022 году Бейкер снял рекламный ролик Taco Bell. Бейкер был исполнительным продюсером документального фильма «Любовь во времена фентанила». Премьера фильма состоялась на фестивале документального кино DOXA в мае 2022 года.

В октябре 2023 года было официально объявлено о выходе следующего художественного фильма Бейкера «Анора» с Майки Мэдисон в главной роли после того, как FilmNation приобрела права на показ.