Родился в Городе Гвадалахара (Мексика). Первые уроки танца получил у отца, Эктора Эрнандеса. Выиграв стипендию, продолжил обучение в Филадельфии (США) в танцевальной школе The Rock School for Dance Education. После окончания был приглашен в состав молодежной труппы Американского театра балета (Нью-Йорк,США). С 2010 года – солист Балета Сан-Франциско (США).
С 2012 года солист Национального балета Нидерландов, где в 2013-м после исполнения партии Принца Дезире в балете «Спящая красавица» Исаак Эрнандес был почетно объявлен премьером труппы.

С 2015 года премьер Английского национального балета.
Репертуар Исаака Эрнандеса включает главные партии в балетах классического наследия, таких как: «Лебединое озеро» (Принц Зигфрид), «Жизель» (Альберт), «Баядерка» (Солор), «Раймонда» (Жан де Бриен) в постановке Рудольфа Нуреева, «Дон Кихот» (Базиль) в постановке Алексея Ратманского, роли в балетах Джорджа Баланчина «Симфония до мажор» и «Четыре темперамента», спектаклях «Онегин» (Ленский) Джона Крэнко, «Сон» и «Симфонические вариации» Фредерика Аштона, «Ромео и Джульетта» (Ромео), Руди ван Данцига, «Танцы с арфой» Ханса ван Манена, «Русские сезоны» Алексея Ратманского, «Золушка» Кристофера Уилдона, Chroma Уэйна МакГрегора.

• Лауреат Международного конкурса артистов балета (Куба, I премия и золотая медаль)
• Лауреат X Международного конкурса артистов балета и хореографов в Москве (III премия, бронзовая медаль и специальный приз)
• Лауреат Международного конкурса артистов балета США (Джексон, I премия и золотая медаль)