Эль Фэннинг родилась в маленьком городке Коньерс, штат Джорджия. Дочь Джой Фэннинг (в девичестве Эррингтон), бывшей профессиональной теннисистки, и Стива Фэннинга, бывшего бейсболиста младшей лиги, выступавшего за команду Сент-Луис Кардиналс, а в настоящее время работающего продавцом электроники в Лос-Анджелесе. Её дедушка по материнской линии Рик Эррингтон — бывший квотербек команды Филадельфия Иглз, а тётя Джилл Эррингтон — бывший репортёр ESPN. У Эль есть старшая сестра Дакота Фэннинг, также актриса. Имеет немецкие и ирландские корни. Фэннинг с семьёй является баптисткой.

Эль начала свою актёрскую карьеру в три года, играя персонажей старшей сестры Дакоты в ещё более юном возрасте в мини-сериале «Похищенные» (2002) и фильме «Я — Сэм» (2001). В 2002 в возрасте четырёх лет Эль получила свою первую независимую от сестры роль в фильме «Дежурный папа». В 2003 снялась в фильме «Дверь в полу» с Джеффом Бриджесом и Ким Бейсингер в главных ролях. Продюсеры изначально планировали задействовать для роли персонажа Эль двух идентичных близнецов из-за напряжённого графика работы, но были так впечатлены Фэннинг, что взяли только её. В конце 2003 Эль снималась в маленькой роли в «Благодаря Винн Дикси». А в 2004 озвучивала персонажа Мей в диснеевской версии на английском языке «Мой сосед Тоторо». Позже в этом же году снималась в независимом фильме «С кем бы отведать сыра». В начале 2005 снималась в «Паутине Шарлотты», играя «будущую внучку» Ферн Арабл, персонаж сестры Дакоты, но эти сцены были потом вырезаны. А в середине 2005 сыграла Дебби Джонс, дочь персонажей Брэда Питта и Кейт Бланшетт в номинированном на Оскар фильме «Вавилон».

В начале 2006 снялась в фильмах «Девятки» и «Дежа вю» с Дензелом Вашингтоном в главной роли, а чуть позже в этом же году в мини-сериале «Потерянная комната» в роли исчезнувшей дочери главного героя. С конца 2006 Эль Фэннинг играет более заметные роли, например, роль скорбящей дочери персонажей Хоакина Феникса и Дженнифер Коннелли в фильме «Заповедная дорога» о трагической автокатастрофе, в которой погиб брат персонажа Эль. А в середине 2007 сыграла небольшую роль персонажа Кейт Бланшетт в детстве в фильме «Загадочная история Бенджамина Баттона».

В конце 2007 снялась в главной роли Фиби совместно с Фелисити Хаффман в фильме «Фиби в Стране чудес», фантастической истории о маленькой девочке, которая не может, или не хочет, следовать правилам. В марте 2008 Эль и её сестра Дакота были приглашены на съёмки фильма «Мой ангел-хранитель», но предложение было отклонено, так как Дакота отказалась брить голову налысо, как того требовал сценарий.

В 2010 вышел фильм известного сценариста и продюсера Софии Копполы «Где-то», в котором принимает участие и Эль Фэннинг в роли 11-летней дочери главного героя в исполнении Стивена Дорффа. На 67-м Венецианском кинофестивале фильм получил главный приз — Золотого льва. В конце 2010 года начались съёмки фильма Фрэнсиса Форда Копполы «Между сейчас и восходом», где Эль досталась роль молодого призрака по имени Ви. В 2011 году Эль получила роль Лили в фильме Кэмерона Кроу «Мы купили зоопарк». Она играет 13-летнюю девочку, которая незаконно работает в кафе зоопарка и живёт с двоюродной сестрой Келли, которую играет Скарлетт Йоханссон. Играла главную роль в фильме «Щелкунчик и Крысиный Король», который вышел 24 ноября 2010 в США и 1 января 2011 в России.

В 2011 году вышел фантастический фильм Дж. Дж. Абрамса «Супер 8», где Эль сыграла одну из ведущих ролей — школьницы Элис Дайнард, которая с друзьями была свидетелем загадочного крушения поезда, из-за которого жизнь их города круто изменилась. В 2012 году вышел фильм-драма «Бомба» с Эль Фэннинг и Элис Энглерт в главных ролях. В 2013 году Эль снялась в футуристической драме «Молодёжь» с Николасом Холтом. Выход картины запланирован на начало 2014 года. В данный момент Фэннинг снимается в биографической драме «Совсем низко», основанной на мемуарах Эми Элбани, дочери легендарного джазового пианиста Джо Элбани, которая описала в книге свои отношения с отцом в период, когда ей было 11 лет.